食品安全问题隐患主要集中在三个方面：一是农药、*药残留超标，比如去年海南出现的“问题豇豆”。二是违法添加有毒有害物质，比如“****”、“瘦肉精”等问题。三是个别地区、个别产品重金属污染和滥用抗生素问题突出，比如今年南方部分地区反映的稻米*超标问题。
我国农产品质量安全监管工作得到了全面加强，农产品质量安全整体水平有了大幅度提升。2010年，蔬菜、畜产品、水产品等主要农产品检测合格率总体达到96%以上，比2001年提高了30多个百分点。完全可以说，我国农产品质量总体上是安全的，并呈现不断向好的趋势。具体表现就是：食品安全的依法监管格局基本形成，突出问题得到有效遏制，重大活动保障有力，农业标准化扎实推进，能力建设日益加强。针对目前农产品质量安全中还暴露出一些问题，专家说，“从根本上讲，这是与农业农村发展所处的阶段相关，与农业的生产经营方式相关。当前我国正处在传统农业向现代农业的转型时期，在一定意义上，解决农产品质量问题，比解决数量问题更复杂更艰巨。”
保障农产品质量安全和促进农业产业健康发展，必须着力构建和完善农产品质量安全标准、检测、认证、风险应急和执法监管等五大体系，切实提高农产品质量安全执法监督、风险预警、监测评估、应急处置和服务指导能力。“十二五”时期，农业部将建立健全以农*药残留限量标准为重点，品质规格标准相配套，生产规范流程为基础的农产品质量安全标准体系，力争新组织制定农业国家标准和行业标准7000项。同时，启动实施质检体系二期规划，拟规划建设部级、地市级、县级质检机构1306个。
