2006年，在部党组的领导下，在部市场司的大力支持下，中心以科学发展观为指导，按照农业部农产品质量安全工作的总体部署，围绕“全面加快发展、全力打造品牌”的中心任务，扎实地开展各项工作，保持了绿色食品事业健康地加快发展。
2006年，绿色食品总量规模稳步扩大，产品质量稳定可靠，品牌效应不断增强，实现了又快又好地发展。有机食品提升了竞争优势，保持了规范、健康地发展，发展速度和总量规模继续位居全国前列。截止2006年12月10日，新认证绿色食品企业2064家，产品5676个，分别比去年同期增长12.2%和11.8%；全国有效使用绿色食品标志企业总数达到4615家，产品总数达到12868个，分别增长24.9%和32.3%。实物总量超过7200万吨，产品年销售额突破1500亿元，出口额近20亿美元，产地环境监测面积1.5亿亩。产品质量抽检合格率达97.9%，企业年检率达95%。中绿华夏有机食品认证中心认证的有机食品企业总数达到520家，产品总数达到2278个，分别比去年增长25%和78.4%。实物总量195.5万吨，产品年销售额61.9亿元，出口额1.1亿美元，认证面积4663.5万亩。
2006年，绿色食品发展呈现出以下四个特点：
一是产品质量稳定可靠。近几年，绿色食品在保持较快发展速度的同时，产品质量合格率稳中有升。2004－2006年，绿色食品产品质量抽检合格率分别为97.8%、98.3%和97.9%，三年平均水平稳定在98%，比前三年平均水平提高了近2个百分点。抽检结果表明，绿色食品产品质量总体稳定可靠，绿色食品品牌的公信力经受住了国内外市场和广大消费者的检验。在今年农业部评定的96个中国**农产品中，获得绿色食品认证的产品有48个，占50%。
二是产业水平不断提升。“以标志品牌为纽带、龙头企业为主体、基地建设为依托、农户参与为基础”的绿色食品产业化模式进一步拓展。2006年，有320家年产值超过5000万元的企业申请绿色食品认证，占新申报企业的22.8%，比去年提高了4.4个百分点；通过绿色食品认证的***农业产业化龙头企业增至240家，占41.2%，比去年提高了8个百分点。全国14个省份119个县（场）已创建151个“绿色食品原料标准化生产基地”，集中分布在优势农产品主产区、农业标准化示范区，原料品种达31个，基地面积4050万亩，产品年产量1878万吨。绿色食品大型原料标准化生产基地建设带动420万农户直接增收2.1亿元，户均增收50元。此外，中心还成功组织了对加拿大小麦局60万吨啤酒大麦、澳大利亚3家企业的102万吨啤酒大麦和2万吨小麦的认证，有力地促进了国内大型部分食品加工骨干企业绿色食品产品的开发。
三是品牌效应日益增强。根据今年中心对全国28个省份154家大型超市的市场调查，绿色食品销售价格比普通产品平均高10－30%，部分产品高出1倍以上。绿色食品产品日益受到国内大型主流商业连锁经营企业的青睐，并成为市场准入的重要条件。在优质优价市场机制作用下，发展绿色食品继续促进企业增效。根据中心对全国329家绿色食品企业的调查，82.1%的企业实现了增效。2006年，绿色食品产品续展率有了大幅度提高，企业续展率达到52.5%，产品续展率达到64.8%，表明大多数绿色食品企业进入了“以品牌促效益、以效益促发展”的良性轨道。随着绿色食品品牌国际知名度的提高，以及园艺、畜牧、水产等劳动密集型产品认证规模的扩大，绿色食品国际贸易稳健发展，出口增长速度继续保持在20%以上，出口额约占全国农产品出口总额的8%。
四是部分地区发展步伐加快。部分地区政府推动力度加大，资源潜力和区域优势得到进一步发挥，发展速度明显加快。湖北、山东、安徽在去年快速发展的基础上，今年认证产品又分别增长了11.2%、66.1%和66.0%。湖南、广东、河北等地区，今年申报的产品数分别比去年增长103%、79.8%和46.5%。黑龙江、辽宁、江苏、山东、安徽、浙江、湖北、湖南、四川等9个省今年开发的产品占全国产品总数的62.3%。
总的来看，2006年，发展绿色食品与农业和农村经济主流工作结合更加紧密，在深化农业结构调整、提升农产品市场竞争力、促进农民增收、扩大农产品出口等方面继续发挥积极的作用。
